Het bestuur van de Thomas Scheltus Stichting bestaat uit zes personen van wie twee leden van de Christelijk Gereformeerde Kerk in Amersfoort en vier leden van de Protestantse Gemeente Amersfoort. In het bestuur mag geen predikant zitting hebben.
De samenstelling van het bestuur
Voorzitter
De heer G.H. Beens
Secretaris/penningmeester
De heer L.H. Heijs
Leden
Mevrouw T. van Andel
Mevrouw A.G. Dijksterhuis
Mevrouw H. Quist
De heer G.J. Riks