Het bestuur van de Thomas Scheltus Stichting bestaat uit zes personen van wie twee leden van de Christelijk Gereformeerde Kerk in Amersfoort en vier leden van de Protestantse Gemeente Amersfoort. In het bestuur mag geen predikant zitting hebben.
De samenstelling van het bestuur
Voorzitter
Mr. H. Beens
Secretaris/penningmeester
drs. L.H. Heijs
Leden
Mevr. A.G. Dijksterhuis
Mevr. H. Quist
Dhr. G.J. Riks
Dhr. A.J. Scherpenzeel